בית המדרש - פקודת אלעזר
בית הכנסת ובית המדרש "פקודת אלעזר" נוסד במטרה לתת מענה ליהודים רבים אשר מתגוררים בסמוך למוסדות "יתד התשובה" ונאלצו עד לא מכבר להתפלל בבתי כנסיות מרוחקים מביתם. בזכות הקהל הרב גוני שמגיע להתפלל וללמוד תורה מתקיימים בבתי הכנסת כל יום שני מנייני תפילות שחרית מנחה וערבית.
במהלך ימי החול מתקיימים בבתי הכנסת שיעורי תורה בתדירות רצופה ובשבת מתווספים לשיעורים פיוטים המעשירים את הלימוד ותורמים באופן טבעי להגדלת המניינים בבית הכנסת ע"י הקהל הרב שמגיע להתפלל ולהנות מלימוד ופיוטים.
בית הכנסת טומן בחובו סיפור הקמה ארוך שרק חסדי שמים ונחישותו של הרב רפאל כהן – ראש המוסדות, הביאו למיסודו הסופי.
כאשר הוקם בית הכנסת, חששו גורמים בסוכנות היהודית שעד אז המבנה היה בבעלותם כי אם וכאשר יעברו מוסדות "יתד התשובה" למקום אחר, עשוי הציבור לחשוב, שהסוכנות פועלת לסגירת בתי כנסת. כתוצאה מכך הביעו בסוכנות את התנגדותם להקמת בית הכנסת במתחם הישיבה וטענו כי המבנים הושכרו לצורך הקמת ישיבה בלבד.
כאמור לאחר מאמצים רבים הוקם בית הכנסת ומשמש בנאמנות את תושבי האזור ואת צוות הישיבה לצרכיי לימוד ותפילות.
ביהכ"נ נקרא "פקודת אלעזר" ע"ש המנוח רודף צדקה וחסד ר' אלעזר עמר ז"ל שבניו יבדלו לחיים טובים וארוכים מתגוררים בצרפת ומשם מסייעים למוסדות להתקיים ולהתרחב.